Next generation sequencing (NGS) produkter

Offentlig prosjektsammendrag

Pharmaq analytiq har etablert en ny plattform for Next generation sequencing (NGS). Hovedproduktene i den nye plattformen vil være: 1. Total mikrobiom 2. Full genom sekvensering (WGS) 3. Genetisk slektskap Prosjektet tar, blant annet, sikte på å kartlegge hva som kan regnes som en god- og dårlig biofilter- og vannflora og hvordan dette kan korreleres til produksjonsparametre og fiskehelse- og velferd i oppdrett av laks. Det vil bli spesielt fokus på hvlken betydning bakterieflora på gjeller- og hudoverflate på fisken har for sårdannelse og gjelleproblemer. I tillegg ønsker vi å undersøke om samme teknologi kan benyttes for å dokumentere hvilken miljøpåvirkning oppdrett i sjø har på sine omgivelser, gjennom karakterisering- og identifisering av indikatororganismer i eDNA (environmental DNA). Viktigheten av gode verktøy for å nøyaktig identifisere hvilket virus- eller hvilken bakterie som er tilstede i forbindelse med sykdom har blitt veldig god belyst nå av den kunnskapen som er kommet i løpet av Covid19 pandemien. Der har det også blitt belyst at sekvensinformasjon fra smittsomme sykdomsagens kan gi en pekepinn på om dagens vaksiner vil fungere, og at vi kan spore opphav av smitte- og smitteveier. De samme problemstilling har man på fisk, for å overvåke smitte- og smittespredning, og få på plass tidlig vaksiner som er dekkende for de utfordinger man har i produksjon. I prosjektet ønsker vi å utvikle NGS basert verktøy som gjør full genom sekvensering tilgjengelig raskt og billig slik at dette kan brukes i den daglige diagnostikken. Dette vil gi mye ny kunnskap om smitteveier og åpne for bedre forebyggende tiltak. Hovedandelen av forskningsaktivitet i prosjektet vil være rettet mot håndtering og organisering av store genetiske datasatt, samt tolkning av resultat i lys av faktiske produksjonsfohold, slik at de gir nytteverdi for oppdrettsnæringen.