Presisjonsavl for CMS-resistens

Offentlig prosjektsammendrag

AquaGen driver selektivt avl for resistens mot flere smittsomme sykdommer, deriblant kardiomyopatisyndrom (hjertesprekk, forkortet CMS), forårsaket av piscint myokardittvirus (PMCV). CMS påfører næringen store kostnader, da sykdommer særlig rammer stor, slakteklar fisk. AquaGen selekterer for CMS-resistens ved hjelp av genomisk seleksjon, en metodikk som innebærer at titusenvis av punkter (genmarkører) på genomet (arvestoffet) til avlskandidatene avleses for å bestemme om avlskandidaten har "gode" eller "dårlige" gener. Tre bestemte kromosomer gis ekstra fokus i disse beregningene hva CMS angår, fordi det finnes gener med stor innvirkning på CMS-resistens (såkalte QTLer) i disse områdene. Genomisk seleksjon er en form for maskinlæring, noe som betyr at metoden krever gode treningsdata; data som kobler responsvariabelen (resistens mot CMS) til forklaringsvariablene (de titusener av genmarkører nevnt ovenfor). AquaGen bruker i dag data fra kontrollerte smittetester som treningsdata. Fordelen med disse smittetestene er at de er reproduserbare, dvs. at de korrelerer bra med hverandre genetisk sett. Den største ulempen med testene er at de måler resistens under kontrollerte forhold, og ikke resistens i felt. I tillegg innebærer de testing på dyr, med tilhørende avliving. Hovedformålet med prosjektet er derfor å legge til rette for gradvis eller delvis utfasing av smittetester i avlsarbeidet. Et annet formål er å finne bedre metoder for måling av CMS-resistens. I de kontrollerte smittetestene bruker vi per i dag virusmengder i hjerte (målt via PCR) som et indirekte uttrykk for resistens, i og med at testene ikke tar livet av fisken. I feltutbrudd kan man bruke dødelighet som mål, men helst bør man også der kvantifisere virusmengden, for å bekrefte at fisken faktisk dør av CMS. PCR-tester er dyre og de har en del praktiske heftelser ved seg. Vi ønsker å undersøke om det finnes bedre og billigere alternativer.