Bruk av helgenomsekvens for å øke presisjonen i avl

Offentlig prosjektsammendrag

AquaGen bruker genomisk seleksjon (GS) i sitt avlsarbeide. GS selekterer stamfisk vha. "genetiske fingeravtrykk", dannet ved avlesning (genotypering) av rundt 50 000 DNA-markører spredt utover genomet. Vi lager slike genetiske fingeravtrykk i avlskandidatene, samt i refereansedyr hvor vi også har registert egenskaper som for eksempel resistens mot sykdom. Deretter plukker vi ut avlskandidatene med fingeravtrykk som likner mest på fingeravtrykkene til de gode referanseindividene. GS er en relativt ny teknologi, som på mange måter fremdeles er på utviklingsstadiet. En av utfordringene er at metoden per i dag fungerer best dersom referansedyra er nært beslektet med avlskandidatene. Dette medfører at egenskaper må registreres i nye referansedyr hver generasjon, noe som er dyrt og krever avliving av betydelige antall testfisk. Løsningen på dette problemet er å forbedre settet med DNA-markører som brukes i GS, dvs. finne andre DNA-markører som er sterkere korrelert med de kausale variantene (de som faktisk skaper forskjeller mellom dyr) eller helst de kausale variantene i seg selv. Dette prosjektet har som mål å finne tilnærmet all DNA-variasjon i AquaGen sin laksepopulasjon vha. helgenomsekvensere av sentrale dyr i AquaGens avlskjerne, samt å ekstrapolere all nyoppdaget variasjon til resten av avlskjernen ved hjelp av såkalt imputering. Når all variasjon i avlskjernen er kartlagt vil vi, med hjelp fra nye og eksisterende datasett, utarbeide sett med DNA-markører som er optimale for de ulike egenskapene vi selekterer for. Disse settene med DNA-markører vil brukes til å oppgradere SNP-chipene som vi i dag bruker i seleksjon. Prosjektet vil gi økt genetisk framgang, redusert behov for hyppige smittetester osv,, samt økt mulighet for nisjeproduksjon.